Juana Morcillo Moreno se licencia en Derecho por la Universidad de Castilla La Mancha en 1996 obteniendo el Premio Extraordinario de Licenciatura. Entre 1997 y 1998 realiza los cursos de Doctorado en la Universidad de Castilla-La Mancha al tiempo que inicia su carrera docente e investigadora como becaria de la Junta de Comunidades de Castilla-La Mancha. Se doctora en septiembre de 2004 con la calificación de sobresaliente cum laude por unanimidad. Ha realizado estancias de investigación en Grecia (Sounion y Lavrion, becada por la Academy of European Public Law), Reino Unido (Oxford, en la Bodleian Law Library) e Italia (Roma, en la Università La Sapienza y Cosenza, en la Università della Calabria).